Index

A

auto_illumina_run_qc_check.config module auto_illumina_run_qc_check.core module auto_illumina_run_qc_check.instrument module auto_illumina_run_qc_check.logging_config module

auto_illumina_run_qc_check.model module auto_illumina_run_qc_check.notification module auto_illumina_run_qc_check.parsers module auto_illumina_run_qc_check.samplesheet module

C

Config (class in auto_illumina_run_qc_check.model)

configure_logging() (in module auto_illumina_run_qc_check.logging_config)

D

determine_instrument_type() (in module auto_illumina_run_qc_check.instrument)

F

find_run_dirs() (in module auto_illumina_run_qc_check.core) find_samplesheet_path() (in module auto_illumina_run_qc_check.samplesheet)

format() (auto_illumina_run_qc_check.logging_config.JSONFormatter method) formatTime() (auto_illumina_run_qc_check.logging_config.JSONFormatter method)

G

get_sum_sample_fastq_file_sizes() (in module auto_illumina_run_qc_check.core)

I

InstrumentType (class in auto_illumina_run_qc_check.model)

J

JSONFormatter (class in auto_illumina_run_qc_check.logging_config)

L

load_config() (in module auto_illumina_run_qc_check.config)

M

module auto_illumina_run_qc_check.config auto_illumina_run_qc_check.core auto_illumina_run_qc_check.instrument auto_illumina_run_qc_check.logging_config auto_illumina_run_qc_check.model auto_illumina_run_qc_check.notification auto_illumina_run_qc_check.parsers auto_illumina_run_qc_check.samplesheet

P

parse_interop_summary() (in module auto_illumina_run_qc_check.parsers) parse_lanes_by_read() (in module auto_illumina_run_qc_check.parsers) parse_read_line() (in module auto_illumina_run_qc_check.parsers) parse_read_summary() (in module auto_illumina_run_qc_check.parsers)

parse_read_summary_line() (in module auto_illumina_run_qc_check.parsers) parse_run_parameters_xml() (in module auto_illumina_run_qc_check.parsers) parse_run_stats() (in module auto_illumina_run_qc_check.parsers) parse_samplesheet() (in module auto_illumina_run_qc_check.samplesheet)

Q

qc_check() (in module auto_illumina_run_qc_check.core)

S

scan() (in module auto_illumina_run_qc_check.core)

send_notification_email() (in module auto_illumina_run_qc_check.notification)