Index

A

auto_irida_azure_upload.core module auto_irida_azure_upload.samplesheet module

auto_irida_azure_upload.util module

C

choose_samplesheet_to_parse() (in module auto_irida_azure_upload.samplesheet)

D

downsample_reads() (in module auto_irida_azure_upload.core)

F

find_fastq() (in module auto_irida_azure_upload.core)

find_run_dirs() (in module auto_irida_azure_upload.core) find_samplesheets() (in module auto_irida_azure_upload.samplesheet)

M

module auto_irida_azure_upload.core auto_irida_azure_upload.samplesheet auto_irida_azure_upload.util

P

parse_samplesheet() (in module auto_irida_azure_upload.samplesheet) parse_samplesheet_miseq() (in module auto_irida_azure_upload.samplesheet) parse_samplesheet_nextseq() (in module auto_irida_azure_upload.samplesheet)

prepare_downsampling_samplesheet() (in module auto_irida_azure_upload.core) prepare_samplelist() (in module auto_irida_azure_upload.core) prepare_upload_dir() (in module auto_irida_azure_upload.core)

S

scan() (in module auto_irida_azure_upload.core)

U

upload_run() (in module auto_irida_azure_upload.core)